4D stack not in correct order

[Jo Jackson]

Hi there,

I have several stacks taken at different time points which I want to combine in to a 4D stack automatically.  I have the following macro which works well however the stacks are in the wrong order when this is run on a folder on a server but not a folder on a computer hard drive.  I think it's to do with the individual stacks being opened in the wrong order.  The stacks are named alphabetically so that week 1 is named 'a', week two 'b' etc.  

Any help greatly appreciated!

Thanks,

Jo

//PART 1 Choose input, starts
dir=getDirectory("Choose folder with registered stacks");
listFiles(dir);

function listFiles(dir) {
        list = getFileList(dir);
        for (i=0; i<list.length; i++) {
        if (endsWith(list[i], "/"))
                listFiles(""+dir+list[i]);
        else
//this now should be recursive for subdirectories
        setBatchMode(true);  
        FolderList = getFileList(dir);
}
        processFolder(dir);
        function processFolder(dir) {
       list = getFileList(dir);
                for (i=0; i<list.length; i++) {
        if(endsWith(list[i], ".tif"));  
                                open(dir+list[i]);
                                title1 = getTitle;
                                title1b=split(title1, "_");
                                len1=lengthOf(title1);
                                title1a=substring(title1, len1-12, len1-4);
 //add label to each slice of each stack corresponding to its session
Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
                                for (m=0; m<frames+1; m++){
       Stack.setFrame(m);
        for (j=1; j<slices+1; j++) {
               Stack.setSlice(j);
                 titleL = getTitle;
                                             titleLa=substring(titleL, 13,14);
      run("Set Label...", "label=&titleLa");
        }
                                        }
                                if(title1a!="register") {
                                        close();
                                } else {
                        title1 = getTitle;
                        run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
                        run("Measure");
                        err=getResult("Mean", 0);
                        selectWindow("MAX_" +title1);
                        //print(err);
                        if(err==0){
                                print(title1+ " No signal detected");
                                run("Close");
                                selectWindow("MAX_" +title1);
                                run("Close");
                                if (isOpen("Results")) {
                                selectWindow("Results");
                                run("Clear Results");
                                }
                        }
                                else {
                                        if (isOpen("Results")) {
                                        selectWindow("Results");
                                        run("Close");
                                        selectWindow("MAX_" +title1);
                                        run("Close");
                                        }
}
                                pth=File.getParent(dir);
                                geg=getDirectory("image");
}
}
}        
                        pth=File.getParent(dir);
                        geg=getDirectory("image") ;
                        geg2= File.separator + geg;
                        title1 = getTitle;
                        len1=lengthOf(title1);
                        title2= substring(title1, 0,13);
                        title3= substring(title1, 16, len1-4);  
                        title4=title2+title3;
                        run("Concatenate...", "all_open title=[] open");
                                saveAs("tiff", geg2+File.separator +title4+ "_4D");
                                close();
}