Error while opening data

[徐 大哲]

Hi everyone,

I got the error message when I loaded HDF5 file by the plugin (HDF5).
       ‘Error while opening ‘…’, dataset ‘…’.
       Java.lang.IllegalArgumentException: Length is too large (4166221824)
How can I solve this problem?

Dazhe

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

[TimFeinstein]

Hi Dazhe,  although SVI software like Huygens generates the HDF5 format by default, as far as I know no third party software can read it.  Surprisingly even Bio-Formats can't open it.  Whenever I work with Huygens software I always export in .ics2 file format.  Ideally I would like to export as a Tiff but Huygens always saves Tiffs with the channels split into different files.  

Best,


T

Timothy Feinstein, Ph.D.
Research Scientist
Department of Developmental Biology
University of Pittsburgh

 


On 11/9/20, 3:43 AM, "ImageJ Interest Group on behalf of 徐 大哲" <[hidden email] on behalf of [hidden email]> wrote:

    Hi everyone,

    I got the error message when I loaded HDF5 file by the plugin (HDF5).
           ‘Error while opening ‘…’, dataset ‘…’.
           Java.lang.IllegalArgumentException: Length is too large (4166221824)
    How can I solve this problem?

    Dazhe

    --
    ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7Cf410918c71714ebac7a608d8848b8581%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C1%7C637405082067869626%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&amp;sdata=bPIMvopDXv9C1cWEfvjtUIzYPyFCSSrSHMJ8nQ6geqY%3D&amp;reserved=0


--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

[徐 大哲]

Thank you for your reply!
Now I use Matlab to load HDF5 files. (‘h5read’ function)

Best,
Dazhe

发件人: Feinstein, Timothy N<mailto:[hidden email]>
发送时间: 2020年11月25日 04:44
收件人: [hidden email]<mailto:[hidden email]>
主题: Re: Error while opening data

Hi Dazhe,  although SVI software like Huygens generates the HDF5 format by default, as far as I know no third party software can read it.  Surprisingly even Bio-Formats can't open it.  Whenever I work with Huygens software I always export in .ics2 file format.  Ideally I would like to export as a Tiff but Huygens always saves Tiffs with the channels split into different files.

Best,


T

Timothy Feinstein, Ph.D.
Research Scientist
Department of Developmental Biology
University of Pittsburgh




On 11/9/20, 3:43 AM, "ImageJ Interest Group on behalf of 徐 大哲" <[hidden email] on behalf of [hidden email]> wrote:

    Hi everyone,

    I got the error message when I loaded HDF5 file by the plugin (HDF5).
           ‘Error while opening ‘…’, dataset ‘…’.
           Java.lang.IllegalArgumentException: Length is too large (4166221824)
    How can I solve this problem?

    Dazhe

    --
    ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7Cf410918c71714ebac7a608d8848b8581%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C1%7C637405082067869626%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&amp;sdata=bPIMvopDXv9C1cWEfvjtUIzYPyFCSSrSHMJ8nQ6geqY%3D&amp;reserved=0


--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html


--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

[S. Pagakis (IIBEAA)]

In FIJI, if you go to manage update sites and add the ilastic, it also adds a HDF5 reader


Best

Stamatis

> On 24 Nov, 2020, at 22:07, Feinstein, Timothy N <[hidden email]> wrote:
>
> Hi Dazhe,  although SVI software like Huygens generates the HDF5 format by default, as far as I know no third party software can read it.  Surprisingly even Bio-Formats can't open it.  Whenever I work with Huygens software I always export in .ics2 file format.  Ideally I would like to export as a Tiff but Huygens always saves Tiffs with the channels split into different files.  
>
> Best,
>
>
> T
>
> Timothy Feinstein, Ph.D.
> Research Scientist
> Department of Developmental Biology
> University of Pittsburgh
>
>
>
>
> On 11/9/20, 3:43 AM, "ImageJ Interest Group on behalf of 徐 大哲" <[hidden email] on behalf of [hidden email]> wrote:
>
>    Hi everyone,
>
>    I got the error message when I loaded HDF5 file by the plugin (HDF5).
>           ‘Error while opening ‘…’, dataset ‘…’.
>           Java.lang.IllegalArgumentException: Length is too large (4166221824)
>    How can I solve this problem?
>
>    Dazhe
>
>    --
>    ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7Cf410918c71714ebac7a608d8848b8581%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C1%7C637405082067869626%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&amp;sdata=bPIMvopDXv9C1cWEfvjtUIzYPyFCSSrSHMJ8nQ6geqY%3D&amp;reserved=0
>
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

******************************
Stamatis Pagakis Ph.D.
Senior Research Scientist
Head, Biological Imaging
Biomedical Research Foundation, Academy of Athens
Soranou Efessiou 4, Athens 115 27 - Greece
M:     [phone]                
W:     [phone]
FAX: [phone]
http://www.bioacademy.gr/faculty-details/HM4/Stamatis <http://www.bioacademy.gr/Faculty/core.php?cr=17>


----------------------[ Disclaimer (in UTF8) ]----------------------------------
Το παρόν μήνυμα ενδέχεται να περιλαμβάνει εμπιστευτικές ή/και απόρρητες
πληροφορίες και απευθύνεται αποκλειστικά στους αποδέκτες του.
Σε περίπτωση που το παρόν μήνυμα περ
 ι=C
 E�λθει σε εσάς από λάθος,
παρακαλούμε να μην το χρησιμοποιήσετε, αντιγράψετε, διανείμετε ή παραδώσετε
σε οποιονδήποτε είτε στο σύνολό του είτε μέρος του, ούτε να προβείτε σε
οποιαδήποτε περαι�=8
 4έ CF�ω ενέργεια βάσει αυτού. Στην περίπτωση αυτή,
θα πρέπει να διαγράψετε το παρόν μήνυμα και να ειδοποιήσετε τον αποστολέα.
Οι απόψεις που διατυπώνονται στο μήνυμα εκφράζουν αποκλειστικά τον
α�=8
 0ο CF�τολέα του και δεν αντιπροσωπεύουν απαραίτητα τις απόψεις του ΙΙΒΕΑΑ.
Το ΙΙΒΕΑΑ δεσμεύεται στην προστασία της εμπιστευτικότητας και της
ιδιωτικότητας των Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα  CE��
 �ι συμμορφώνεται με τις
σχετικές διατάξεις του «Γενικού Κανονισμού για την Προστασία Δεδομένων»
«ΓΚΠΔ», λαμβάνοντας  τα κατάλληλα τεχνικά και οργανωτικά μέτρα με σκοπό
την προστασία των π� 81ο
 σωπικών δεδομένων που συλλέγει, τηρεί κι επεξεργάζεται,
διασφαλίζοντας παράλληλα τη νομιμότητά τους. Το ΙΙΒΕΑΑ έχει λάβει όλα τα
εύλογα μέτρα ασφάλειας προκειμένου το παρόν μήνυμα να μην πε CF��
 �λαμβάνει ιούς.
Δεδομένου ότι η επικοινωνία μέσω διαδικτύου (Internet) δεν είναι ασφαλής,
το ΙΙΒΕΑΑ  δεν φέρει την ευθύνη για οποιαδήποτε ζημιά ή απώλεια προκύψει
από τη χρήση του παρόντος ή των συνημμ
 έ=C
 E�ων αρχείων του και σας συνιστά
να το υποβάλετε στις διαδικασίες πρόληψης ιών που διαθέτετε.
 
This message may contain confidential and / or private information and is
addressed exclusively to its recipients. In the event that you receive this
message by mistake, please do not use, copy, distribute or deliver it to anyone,
either in whole or in part, or take any further action. In this case, you
should delete this message and notify the sender. The views expressed in the
message exclusively reflect the sender and do not necessarily represent the
views of BRFAA. The BRFAA is commit
 ted to p
 rotecting the confidentiality
and privacy of Personal Data and complies with the relevant provisions
of the General Data Protection Regulation, "GDPR", by taking appropriate
technical and organizational measures to protect the personal data it collects,
maintains and processes, while ensuring their legitimacy. BRFAA has taken all
reasonable security measures to ensure that this message does not contain viruses.
As internet communication is not secure, BRFAA is not responsible for any damage
or loss resulting from the use of this message or its attachments and recommends
that you submit it to your antivirus procedures.
------------------------------------------------------------------------------------


--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

[TimFeinstein]

Thank you Stamatis!  That will save me some trouble in the future.  

Best,


T

Timothy Feinstein, Ph.D.
Research Scientist
Department of Developmental Biology
University of Pittsburgh

 


On 11/25/20, 8:17 AM, "Stamatis Pagakis" <[hidden email]> wrote:

    In FIJI, if you go to manage update sites and add the ilastic, it also adds a HDF5 reader


    Best

    Stamatis






    > On 24 Nov, 2020, at 22:07, Feinstein, Timothy N <[hidden email]> wrote:
    >
    > Hi Dazhe,  although SVI software like Huygens generates the HDF5 format by default, as far as I know no third party software can read it.  Surprisingly even Bio-Formats can't open it.  Whenever I work with Huygens software I always export in .ics2 file format.  Ideally I would like to export as a Tiff but Huygens always saves Tiffs with the channels split into different files.  
    >
    > Best,
    >
    >
    > T
    >
    > Timothy Feinstein, Ph.D.
    > Research Scientist
    > Department of Developmental Biology
    > University of Pittsburgh
    >
    >
    >
    >
    > On 11/9/20, 3:43 AM, "ImageJ Interest Group on behalf of 徐 大哲" <[hidden email] on behalf of [hidden email]> wrote:
    >
    >    Hi everyone,
    >
    >    I got the error message when I loaded HDF5 file by the plugin (HDF5).
    >           ‘Error while opening ‘…’, dataset ‘…’.
    >           Java.lang.IllegalArgumentException: Length is too large (4166221824)
    >    How can I solve this problem?
    >
    >    Dazhe
    >
    >    --
    >    ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7C8e19c8d4b806477f8ac208d891447f2a%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C0%7C637419070664407697%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=XPOothvS9Z4iKLdS6%2FVqR3ZTYMRVVG0KjYqEx0HbnPU%3D&amp;reserved=0
    >
    >
    > --
    > ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7C8e19c8d4b806477f8ac208d891447f2a%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C0%7C637419070664407697%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=XPOothvS9Z4iKLdS6%2FVqR3ZTYMRVVG0KjYqEx0HbnPU%3D&amp;reserved=0


    ******************************
    Stamatis Pagakis Ph.D.
    Senior Research Scientist
    Head, Biological Imaging
    Biomedical Research Foundation, Academy of Athens
    Soranou Efessiou 4, Athens 115 27 - Greece
    M:     [phone]                
    W:     [phone]
    FAX: [phone]
    https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.bioacademy.gr%2Ffaculty-details%2FHM4%2FStamatis&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7C8e19c8d4b806477f8ac208d891447f2a%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C0%7C637419070664417691%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=x2IGHKyaL8mN0IYvS%2FzmeIPGESa6H7cnGDaDRJZ%2BQag%3D&amp;reserved=0 <https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.bioacademy.gr%2FFaculty%2Fcore.php%3Fcr%3D17&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7C8e19c8d4b806477f8ac208d891447f2a%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C0%7C637419070664417691%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=X1mZFVDR86p8v09kezpDl%2BYQ%2FzGrviH%2FOKZBmLWvGTs%3D&amp;reserved=0>


    ----------------------[ Disclaimer (in UTF8) ]----------------------------------
    Το παρόν μήνυμα ενδέχεται να περιλαμβάνει εμπιστευτικές ή/και απόρρητες
    πληροφορίες και απευθύνεται αποκλειστικά στους αποδέκτες του.
    Σε περίπτωση που το παρόν μήνυμα περ
     ι=
     E�λθει σε εσάς από λάθος,
    παρακαλούμε να μην το χρησιμοποιήσετε, αντιγράψετε, διανείμετε ή παραδώσετε
    σε οποιονδήποτε είτε στο σύνολό του είτε μέρος του, ούτε να προβείτε σε
    οποιαδήποτε περαι�=
     4έ CF�ω ενέργεια βάσει αυτού. Στην περίπτωση αυτή,
    θα πρέπει να διαγράψετε το παρόν μήνυμα και να ειδοποιήσετε τον αποστολέα.
    Οι απόψεις που διατυπώνονται στο μήνυμα εκφράζουν αποκλειστικά τον
    α�=
     0ο CF�τολέα του και δεν αντιπροσωπεύουν απαραίτητα τις απόψεις του ΙΙΒΕΑΑ.
    Το ΙΙΒΕΑΑ δεσμεύεται στην προστασία της εμπιστευτικότητας και της
    ιδιωτικότητας των Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα  CE��
     �ι συμμορφώνεται με τις
    σχετικές διατάξεις του «Γενικού Κανονισμού για την Προστασία Δεδομένων»
    «ΓΚΠΔ», λαμβάνοντας  τα κατάλληλα τεχνικά και οργανωτικά μέτρα με σκοπό
    την προστασία των π� 81ο
     σωπικών δεδομένων που συλλέγει, τηρεί κι επεξεργάζεται,
    διασφαλίζοντας παράλληλα τη νομιμότητά τους. Το ΙΙΒΕΑΑ έχει λάβει όλα τα
    εύλογα μέτρα ασφάλειας προκειμένου το παρόν μήνυμα να μην πε CF��
     �λαμβάνει ιούς.
    Δεδομένου ότι η επικοινωνία μέσω διαδικτύου (Internet) δεν είναι ασφαλής,
    το ΙΙΒΕΑΑ  δεν φέρει την ευθύνη για οποιαδήποτε ζημιά ή απώλεια προκύψει
    από τη χρήση του παρόντος ή των συνημμ
     έ=
     E�ων αρχείων του και σας συνιστά
    να το υποβάλετε στις διαδικασίες πρόληψης ιών που διαθέτετε.

    This message may contain confidential and / or private information and is
    addressed exclusively to its recipients. In the event that you receive this
    message by mistake, please do not use, copy, distribute or deliver it to anyone,
    either in whole or in part, or take any further action. In this case, you
    should delete this message and notify the sender. The views expressed in the
    message exclusively reflect the sender and do not necessarily represent the
    views of BRFAA. The BRFAA is commit
     ted to p
     rotecting the confidentiality
    and privacy of Personal Data and complies with the relevant provisions
    of the General Data Protection Regulation, "GDPR", by taking appropriate
    technical and organizational measures to protect the personal data it collects,
    maintains and processes, while ensuring their legitimacy. BRFAA has taken all
    reasonable security measures to ensure that this message does not contain viruses.
    As internet communication is not secure, BRFAA is not responsible for any damage
    or loss resulting from the use of this message or its attachments and recommends
    that you submit it to your antivirus procedures.
    ------------------------------------------------------------------------------------


    --
    ImageJ mailing list: https://nam12.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fimagej.nih.gov%2Fij%2Flist.html&amp;data=04%7C01%7Ctnf8%40pitt.edu%7C8e19c8d4b806477f8ac208d891447f2a%7C9ef9f489e0a04eeb87cc3a526112fd0d%7C1%7C0%7C637419070664417691%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=zAoYAdCTlPQLDhHtgPbjAJOeB%2FaUtWayxNFL6uPwQms%3D&amp;reserved=0


--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html