New plugin avaliable

Posted by Emerson Lucena on Jun 25, 2009; 4:26am
URL: http://imagej.273.s1.nabble.com/New-plugin-avaliable-tp3692023.html

This plugin implement the Ryall sharpness index with array dimensions input
from 3 to any odd values to set by user.

 

Cheers

 

Lucena

 

 

 

Reference:

 

GOLDSMITH, N.T., Deep Focus; A digital Image Processing Technique to Produce
Improved Focal Depth in Light Microscopy,

 Image Anal. Stereol. 19, 163-167, (2000).

 

 

 

 

 

 

 

 

import ij.measure.*;

import ij.*;

import ij.plugin.*;

import ij.plugin.filter.PlugInFilter;

import ij.process.*;

import ij.gui.*;

import java.awt.*;

import java.util.*;

 

 

public class Depth_from_focus implements PlugIn{

 

 

public void run(String arg) {

 

            if (IJ.versionLessThan("1.19s"))

            return;

            ImagePlus imp = WindowManager.getCurrentImage();

            if (imp==null)

                        {IJ.noImage(); return;}

            if ( imp.getType()!=imp.GRAY8)

                        {IJ.error("Stack with 8-bit grayscale image
required"); return ;}

            GenericDialog gd=new GenericDialog ("Parameters of
3D-Reconstruction");

            gd.addNumericField("Distance between slices:",1,3);

            //gd.addStringField("Unit:","µm");

            gd.addNumericField("Dimension Kernel(square):",3,3);

 

            gd.showDialog();

            if (gd.wasCanceled())

                                               return ;

            int distance=(int) gd.getNextNumber();

            //String unit=gd.getNextString();,unit,String  unit

            int dimension=(int)gd.getNextNumber();

            int uc =dimension/2;

            if (dimension!=(2*uc+1)||dimension<3){

                IJ.showMessage("Invalid Dimension!\n"+

        "Enter odd numbers equal or greater than 3");

        return;

}

            int vc =uc;

            Sharpnessindex(imp, imp.getProcessor(),distance,uc,vc);

 

}

 

public void Sharpnessindex (ImagePlus imp, ImageProcessor ip,int distance,
int uc, int vc) {

 

            int width = ip.getWidth();

            int height = ip.getHeight();

int ii,i,offset;

 

            float sharpness[] = new float[width * height];

            float depthimage[]=new float[width * height];

            byte[] pixels=new byte[width * height];

 

byte[] pixels2=new byte[width * height];

            ImageWindow win = imp.getWindow();

    win.running = true;

            int nSlices=imp.getStackSize();

 

            long startTime = System.currentTimeMillis();

            IJ.showStatus("Building the elevation and composite images...");

            for (int s=1;s<=nSlices;s++) {

            IJ.showProgress((double)s/(nSlices));

 

                        if(!win.running)break;

                        imp.setSlice(s);

                        byte[] pixels1=(byte[])(ip.getPixels());

 

                        ii = 0;

             for (int y=0; y<height; y++)

                                                           {

 
offset = y*width;

 
for(int x=0; x<width; x++)

                                                                       {

 

 

 
i = offset+x;

 
int pix = 0xff & pixels1[i]; //

 
pixels2[ii] = (byte) pix;

 

 

 
ii++;

                                                                       }

                                                           }

 

 

 

 

 

 

 

                        for(int y=vc; y<height-vc; y++) {

 

                                               for(int x=uc; x<width-uc;
x++) {

                                               float sum = 0;

                                               for(int v=-vc; v <= vc; v++)
{

                                                offset = x+(y+v)*width;

                                                           for(int u = -uc;
u <= uc; u++) {

                                                           sum
+=Math.abs(pixels2[offset+u]-pixels2[x+y*width]);

                                                }

                                    }

                                    if
(sharpness[x+y*width]<sum){sharpness[x+y*width] = sum;

 
depthimage[x+y*width]=(float) (s*distance);

 
pixels[x+y*width]=pixels2[x+y*width];

                                              }

 

 

                                               }

                 }

 

}

 

 

long time = System.currentTimeMillis()-startTime;

  double seconds = time/1000.0;

  IJ.write("Reconstruction Time:"+IJ.d2s(seconds)+"seconds");

 

ImageProcessor ip2 = new ByteProcessor(width, height, pixels, null);

            ImagePlus imp2 = imp.createImagePlus();

            imp2.setProcessor("Composite Image", ip2);

ImageProcessor ip3 = new FloatProcessor(width, height, depthimage, null);

            ImagePlus imp3 = imp.createImagePlus();

            imp3.setProcessor("Depth Image", ip3);

 

            imp2.show();

            imp2.updateAndDraw();

            imp3.show();

            imp3.updateAndDraw();

 

  }

 

//End of rotine

}