Re: strange behaviour of the results table

Posted by Karel Jansseune-2 on May 08, 2009; 1:42pm
URL: http://imagej.273.s1.nabble.com/strange-behaviour-of-the-results-table-tp3692588p3692591.html


This is the code that I use to set the coordinates.

The 2 first functions add an extra column to the result table, the third function combines all the ROI's that have the same coordiantes.
I included an image of the plants that we are analysing.




function addXcoordinates (binsX){

        minX = getResult('X',1);
        maxX = getResult('X',1);
        for(i=0;i<nResults;i++){
                if (getResult('X',i)<minX){
                        minX = getResult('X',i);
                        }
                if (getResult('X',i)>maxX){
                        maxX= getResult('X',i);
                        }
        }

        Xcoord = "Numeric X coordinate";
        setResult(Xcoord,0,NaN);
        binSizeX = (maxX - minX) / (binsX-1);
       
        for(i=0;i<nResults;i++){
                for (j = 0;j<binsX;j++){
                                Xval = getResult('X',i);
                                if ((minX + (j-0.5) * binSizeX <= Xval ) && (Xval <= minX + (j + 0.5) * binSizeX)){
                                        XCoordinate = j+1;
                                        }
                                //if (Xval == maxX){
                                        //XCoordinate = binsX;
                                        //}
                }
                setResult(Xcoord,i,XCoordinate);
        }
        updateResults;
}

function addYcoordinates (binsY){

        minY = getResult('Y',1);
        maxY = getResult('Y',1);
        for(i=0;i<nResults;i++){
                if (getResult('Y',i)<minY){
                        minY = getResult('Y',i);
                        }
                if (getResult('Y',i)>maxY){
                        maxY= getResult('Y',i);
                        }
        }

        Ycoord = "Numeric Y coordinate";
        setResult(Ycoord,0,NaN);
        binSizeY = (maxY - minY) / (binsY-1);

        for(i=0;i<nResults;i++){
                for (j = 0;j<binsY;j++){
                                Yval = getResult('Y',i);
                                if ((minY + (j-0.5)  * binSizeY <= Yval ) && (Yval <= minY + (j + 0.5) * binSizeY)){
                                        YCoordinate = j+1;
                                        }
                                //if (Yval == maxY){
                                        //YCoordinate = binsY;
                                        //}
                }
                setResult(Ycoord,i,YCoordinate);
        }
        updateResults;
}

function combineROI (){        
        scalefactor = 380/4036.07;
        addXcoordinates(6);
        addYcoordinates(4);
        amountResults = nResults;
        for (i=0;i<amountResults;i++){
                for (j=0;j<amountResults;j++){
                        if (i != j){
                                doublesfound = false;
                                x1=getResult('X',i);
                                y1=getResult('Y',i);
                                x2=getResult('X',j);
                                y2=getResult('Y',j);
                                X1=getResult('Numeric X coordinate',i)*scalefactor;
                                Y1=getResult('Numeric Y coordinate',i)*scalefactor;
                                X2=getResult('Numeric X coordinate',j)*scalefactor;
                                Y2=getResult('Numeric Y coordinate',j)*scalefactor;
                                if (X1 == X2 && Y1 == Y2) {
                                        doublesfound = true;
                                        roiManager("Select",i);
                                        setKeyDown("shift");
                                        roiManager("Select",j);
                                        setKeyDown("none");
                                        roiManager("Add");
                                        roiManager("Select", i);
                                        roiManager("Delete");
                                        run("Select None");
                                        roiManager("Select", j-1);
                                        roiManager("Delete");
                                        roiManager("deselect");
                                        run("Select None");
                                        updateResults;
                                }
                                if(doublesfound){
                                        doublesfound = false;
                                        j = -1;
                                        run("Select None");
                                        run("Clear Results");
                                        roiManager ("Measure");
                                        addXcoordinates(6);
                                        addYcoordinates(4);
                                }
                        amountResults = nResults;
                                }
                        if (i >= amountResults){
                                j = amountResults;
                        }
                }
        }
        updateResults;
        run("Select None");
        run("Clear Results");
        roiManager ("Measure");
}

combineROI();






Best regards,


Karel Jansseune




On Friday 08 May 2009 12:43:56 Karel Jansseune wrote:
> Am I missing some setting here? Or could it be a mistake in my code?

Yes, you must be missing something, but without seeing the code is nearly
impossible to say what it is.

G.

---

The information contained in this e-mail is for the exclusive use of the intended recipient(s) and may be confidential, proprietary, and/or legally privileged.  Inadvertent disclosure of this message does not constitute a waiver of any privilege.  If you receive this message in error, please do not directly or indirectly use, print, copy, forward, or disclose any part of this message.  Please also delete this e-mail and all copies and notify the sender.  Thank you.

For alternate languages please go to http://bayerdisclaimer.bayerweb.com

---