Re: New plugin: Skeletonize3D and AnalyzeSkeleton

Posted by R Heberto Ghezzo, Dr on Nov 17, 2008; 1:21pm
URL: http://imagej.273.s1.nabble.com/New-plugin-Skeletonize3D-and-AnalyzeSkeleton-tp3694477p3694478.html

Salud Ignacio,
Un punto que podrias agregar, creo que lo puedo hacer yo en mi copia, es de contar
los puntos triples, o sea las ramificaciones " branching points".
El numero de puntos triples divided por el area de la figura es un estimador morfometrico
de la longitud del esqueleto.
Yo trabajo en morfometria pulmonar, uso ImageJ para calcular el Lm or 'mean linear
intercept' como una medida de emfisema que es en realidad un estimador de la razon area/volumen.
como nosotros contamos el numero de celulas en las paredes que son positivas para algun marcador
necesitamos un estimador de la longitud de esas paredes, que sea mas facil que trazar las
paredes.
muchas gracias, salud y pesetas ( euros)
[hidden email]
 


-----Original Message-----
From: ImageJ Interest Group on behalf of Ignacio Arganda Carreras
Sent: Mon 11/17/2008 5:44 AM
To: [hidden email]
Subject: New plugin: Skeletonize3D and AnalyzeSkeleton
 
Dear all,

I just uploaded two plugins for 2D/3D image skeletonization and skeleton
analysis:

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:analysis:analyzeskeleton:start

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:morphology:skeletonize3d:start

Please, have a look at them and make me know if you think it would be
interesting to add more measures at the skeleton analysis.

I hope you find them useful.

Cheers!

ignacio

--
Ignacio Arganda-Carreras
Escuela Politécnica Superior
Laboratorio B-408     Phone: [phone]
Universidad Autónoma de Madrid
Ctra. de Colmenar Viejo, Km. 15
Madrid 28049,  Spain

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