Change Pixel Color

Posted by SMoeller on Sep 05, 2013; 3:06pm
URL: http://imagej.273.s1.nabble.com/Change-Pixel-Color-tp5004669.html

Hey,
I found the following plugin that adds up pixels with a specific gray value. My question is how can i color those pixels? I know the basics of Java but i cant find a method for this.

/*
This plugin counts pixels in a 8-bit or 16-bit image (Stack) in the defined interval.
Author: M. Austenfeld
*/

import java.awt.*;
import ij.plugin.*;
import ij.*;
import ij.gui.*;
import ij.process.*;
import ij.measure.ResultsTable;
import ij.gui.GenericDialog;

public class Count_Stack_Pixels implements PlugIn {

        public int pixelCount = 0;// The variable for the pixel count!
        public int min = 0;// The min value for the pixel count!
        public int max = 0;// The max value for the pixel count!

        public void run(String arg) {
                ImagePlus imp = WindowManager.getCurrentImage();
                if (imp != null) {
                        /*We proof if the image is an 8-bit or 16-bit image!*/
                                     ImageProcessor im= imp.getProcessor() ;
                        if (im instanceof ShortProcessor||im instanceof ByteProcessor ) {

                                /*We create a dialog!*/
                                GenericDialog gd = new GenericDialog("Count Pixels");
                                gd.addNumericField("Min: ", min, 0);
                                gd.addNumericField("Max: ", max, 0);
                                gd.showDialog();
                                if (gd.wasCanceled())
                                        return;

                                /*We get the values from the dialog!*/
                                min = (int) gd.getNextNumber();
                                max = (int) gd.getNextNumber();

                                /*We create a results table!*/
                                ResultsTable rt = ResultsTable.getResultsTable();
                                rt.reset();

                                /*Get the active image !*/

                                /*We get the stack!*/
                                ImageStack stack = imp.getStack();
                                /*We loop through all stack images!*/
                                for (int n = 1; n <= stack.getSize(); n++) {
                                        /*Get the image processor of the image !*/
                                        ImageProcessor ip = stack.getProcessor(n);
                                        int w = ip.getWidth();
                                        int h = ip.getHeight();

                                        /*We loop through all pixels in a stack image!*/
                                        for (int v = 0; v < h; v++) {
                                                for (int u = 0; u < w; u++) {

                                                        /*Get the pixel value!*/
                                                        int i = ip.getPixel(u, v);

                                                        /*All values which match the interval are counted!*/
                                                        if (i >= min && i <= max) {

                                                                pixelCount++;

                                                        }

                                                }
                                        }

                                        rt.incrementCounter();
                                        /*We add the counted values to the results table!*/
                                        rt.addValue("Count", pixelCount);
                                        pixelCount = 0;

                                }//end of the stack!
                                rt.show("Results");
                        }

                        else {
                               
                                                IJ.showMessage("Requires an 8-bit or 16-bit image !");
                        }

                } else {
                       
                                    IJ.showMessage("No image opened !");
                }

        }

}