Roi visibility by setPosition()

Posted by Greg on Oct 25, 2016; 9:37am
URL: http://imagej.273.s1.nabble.com/Roi-visibility-by-setPosition-tp5017469.html

Hi,

I recently scratched my head about how to define a Rois visibility in an overlay. So I want for example that a specific roi only is visible at a specified frame. From the API, the Roi.setPostion(C,Z,T) method should do the job. However, in this example:

from os import path                                                                            
from ij import IJ,ImagePlus                                                                    
from ij.gui import OvalRoi,Overlay                                                              
from java.awt import Color                                                                      
width = 300                                                                                    
height = 300                                                                                    
NFrames = 10                                                                                    
NChannels = 1                                                                                  
NSlices = 1                                                                                    
HS = IJ.createHyperStack('PartialStack',width,height,NChannels,NSlices,NFrames,16)              
                                                                                                                                                                                                                                                                     
print HS.getDimensions()                                                                        
                                                                                               
ov = Overlay()                                                                                  
for frame in range(1,NFrames+1):                                                                
                                                                                               
    HS.setPosition(1,1,frame)                                                                  
                                                                                               
    print 'Channel:' ,HS.getC()                                                                
    print 'Slice:' ,HS.getZ()                                                                  
    print 'Frame:' ,HS.getT()                                                                  
                                                                                               
    roi = OvalRoi(50+frame*5,50+frame*5,50,50)                                                  
                                                                                               
    roi.setPosition(HS.getC(),HS.getZ(),HS.getT())                                              
    roi.setStrokeColor(Color.RED)                                                              
    ov.add(roi)                                                                                
                                                                                               
HS.setOverlay(ov)                                                                              
HS.show()  

The rois are still visible for all frames. However, when I set NChannels = 2, it works as expected. I know, I could use for the NChannels = 1 case the Roi.setPosition(n) (instead of the 3-based index), but when writing general plugins, it would still be good if also the Roi.setPosition(1,1,T) would work as expected?!

Best,
Gregor