Background subtraction from ROI

[Pedro J CamelloDr Pedro J Camello]

Hi all,

I´m using the plugin "Bg Subtraction from ROI", contributed by T. Collins. It works fine in stcaks but it fails if I load stacks as virtual stacks. I guess is something related to imageprocessor commands, but my knowledge in java is not enough to handle this.
Could anybody tell me how to fix it?

Thanks in advance

The plugin code follows:

import ij.plugin.filter.*;
import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import ij.measure.*;
import ij.util.*;
import ij.plugin.filter.Analyzer;
import java.awt.Rectangle;

//modfied from Z-axis profiler
//T.Collins Jan 07
//www.macbiophotonics.ca

public class BG_Subtraction_from_ROI implements PlugInFilter, Measurements  {

        ImagePlus imp;

        public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
                this.imp = imp;
                return DOES_ALL+NO_CHANGES+ROI_REQUIRED;
        }

        public void run(ImageProcessor ip) {
                Roi roi = imp.getRoi();

                if (roi.getType()>=Roi.LINE)
                                        {
                                        IJ.showMessage("BG_Subtraction_from _ROI", "This command does not work with line selections.");
                                        return;
                                        }

                        float[] bg = getZAxisProfile(roi);
                //do BG subtraction
                                ImageStack img = imp.getStack();
                                ImageProcessor ip2 = img.getProcessor(1);

                                for(int s=1; s<=imp.getStackSize(); s++)
                                        {ip2 = img.getProcessor(s);
                                        for (int x=0; x<=imp.getWidth(); x++)
                                                {for(int y=0; y<=imp.getHeight(); y++)
                                                        ip2.putPixelValue(x,y, (int)((float)ip2.getPixelValue(x,y)-(float)bg[s]));

                                                }
                                        }
                ip2.resetMinAndMax();
                imp.updateAndDraw();
        }

        float[] getZAxisProfile(Roi roi) {
                ImageStack stack = imp.getStack();
                int size = stack.getSize();
                float[] values = new float[size+4];
                ImageProcessor mask = imp.getMask();
        // int[] mask = imp.getMask();
               
                Rectangle r = imp.getRoi().getBoundingRect();
                Calibration cal = imp.getCalibration();
               
values[0] = r.x;
values[1] = r.y;
values[2] = r.width;
values[3] = r.height;
                       
                for (int i=1; i<=size; i++) {
                        ImageProcessor ip = stack.getProcessor(i);
                        ip.setRoi(r);
                        ip.setMask(mask);
                        ImageStatistics stats = ImageStatistics.getStatistics(ip, MEAN, cal);
                        //analyzer.saveResults(stats, roi);
                        //if (showResults)
                        //analyzer.displayResults();
                        values[i] = (float)stats.mean;
                                }
                return values;
                        }

}



--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html