PLOT PROFILE

[Eva Panta]

Dear All,

Does anyone know how I can draw an identical line in two different images (2 separate channels, red and green), so when I use plot profile I can be sure that I'm comparing the same pixels (grey values) in each image?

Thank you in advance.

eva

[Jean-Yves Tinevez-2]

On Sep 15, 2009, at 12:47 PM, Eva Panta wrote:

> Dear All,
>
> Does anyone know how I can draw an identical line in two different  
> images (2
> separate channels, red and green), so when I use plot profile I can  
> be sure
> that I'm comparing the same pixels (grey values) in each image?

You want to use the ROI manager.
Once you drew the first profile, press T to add it to the ROI manager.
You can call it back after-while by selecting another image and  
selecting the ROI in the manager.

cheers
jy


--
Jean-Yves Tinevez
PFID - Imagopole
Institut Pasteur
25-28, rue du Docteur Roux
75724 Paris cedex 15
France
tel: [phone]

[Michael Schmid]

Hi Eva,

looks like you need the Sync Windows plugin:

   http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/sync-windows.html

Michael
________________________________________________________________

On 15 Sep 2009, at 12:47, Eva Panta wrote:

> Dear All,
>
> Does anyone know how I can draw an identical line in two different  
> images (2
> separate channels, red and green), so when I use plot profile I can  
> be sure
> that I'm comparing the same pixels (grey values) in each image?
>
> Thank you in advance.
>
> eva

[Mario Faretta]

Dear Eva,
you can:
- use the ROI Manager (Analyse>Tools) to store the line you draw on the first
image and recall it in the second
- if you work with RGB stacks (channels in slice) you can simply scroll the
z-slicer
- if you want a direct readout you can use the RGB profiler plugin working
directly on RGB images
hope it helps
Mario

Eva Panta ([hidden email]) wrote:

>
> Dear All,
>
> Does anyone know how I can draw an identical line in two different images (2
> separate channels, red and green), so when I use plot profile I can be sure
> that I'm comparing the same pixels (grey values) in each image?
>
> Thank you in advance.
>
> eva
> --
> View this message in context: http://n2.nabble.com/PLOT-PROFILE-tp3648179p3648179.html
> Sent from the ImageJ mailing list archive at Nabble.com.
>

--
Mario Faretta
Department of Experimental Oncology
European Institute of Oncology
c/o IFOM-IEO Campus for Oncogenomics
via Adamello 16
20139 Milan
Italy
Phone: ++39-02574303054
email: [hidden email]
http://www.ifom-ieo-campus.it



[- Il Tuo 5 per Mille a favore della Ricerca dell'Istituto Europeo di
Oncologia

Tutti coloro che presentano il modello Unico, il modello 730 o più
semplicemente che ricevono dal proprio datore di lavoro il modello CUD, hanno
la facoltà di scegliere la destinazione del proprio 5 per mille.

Nella casella riservata al Finanziamento agli Enti della Ricerca Sanitaria
inserisci il codice fiscale dello IEO (08 69 14 40 153) ed apponi la Tua
firma.
Il Tuo 5 per Mille verrà destinato alla ricerca contro il cancro dell'Istituto
Europeo di Oncologia

NON COSTA NULLA E NON COMPORTA ALCUN AUMENTO DELLE IMPOSTE DA VERSARE
NON È UN'ALTERNATIVA ALL'8 PER MILLE
E' UN GESTO CONCRETO E DI GRANDE VALORE

Per saperne di più vai al sito dello IEO www.ieo.it < http://www.ieo.it >
oppure scrivi a [hidden email] < mailto:[hidden email]>

Segnala ad un amico questa opportunità

 -]

[Raghavan, Srinivasan (GE, Research)]

Hi All,

Can I plot contour plots using ImageJ. Is there a way I can chose the
contour values ?

Thanks
Srini

[Gabriel Landini]

On Thursday 17 September 2009  10:46:16 Raghavan, Srinivasan (GE, Research)
wrote:

> Can I plot contour plots using ImageJ. Is there a way I can chose the
> contour values ?

I wrote 2 plugins that I never use (!)

IsoPhotContour and IsoPhotContour2

http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html

Let me know if they do not work.

G.

[Joel Sheffield]

Hi Eva,

If you want to compare different color channels, you can use the color
profiler plugin, which you can find on the plugins page.  This will allow
you to list the values as well as present them graphically.

Best of Luck,

Joel


2009/9/17 Mario Faretta <[hidden email]>

> Dear Eva,
> you can:
> - use the ROI Manager (Analyse>Tools) to store the line you draw on the
> first
> image and recall it in the second
> - if you work with RGB stacks (channels in slice) you can simply scroll the
> z-slicer
> - if you want a direct readout you can use the RGB profiler plugin working
> directly on RGB images
> hope it helps
> Mario
>
> Eva Panta ([hidden email]) wrote:
> >
> > Dear All,
> >
> > Does anyone know how I can draw an identical line in two different images
> (2
> > separate channels, red and green), so when I use plot profile I can be
> sure
> > that I'm comparing the same pixels (grey values) in each image?
> >
> > Thank you in advance.
> >
> > eva
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> European Institute of Oncology
> c/o IFOM-IEO Campus for Oncogenomics
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> 20139 Milan
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> http://www.ifom-ieo-campus.it
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> [- Il Tuo 5 per Mille a favore della Ricerca dell'Istituto Europeo di
> Oncologia
>
> Tutti coloro che presentano il modello Unico, il modello 730 o più
> semplicemente che ricevono dal proprio datore di lavoro il modello CUD,
> hanno
> la facoltà di scegliere la destinazione del proprio 5 per mille.
>
> Nella casella riservata al Finanziamento agli Enti della Ricerca Sanitaria
> inserisci il codice fiscale dello IEO (08 69 14 40 153) ed apponi la Tua
> firma.
> Il Tuo 5 per Mille verrà destinato alla ricerca contro il cancro
> dell'Istituto
> Europeo di Oncologia
>
> NON COSTA NULLA E NON COMPORTA ALCUN AUMENTO DELLE IMPOSTE DA VERSARE
> NON È UN'ALTERNATIVA ALL'8 PER MILLE
> E' UN GESTO CONCRETO E DI GRANDE VALORE
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--


Joel B. Sheffield, Ph.D
Department of Biology
Temple University
Philadelphia, PA 19122
Voice: 215 204 8839
e-mail: [hidden email]
URL:  http://astro.temple.edu/~jbs