read values from txt file

[R. C.]

How can I read a list of txt values from a txt file using a script or a
macro?

thanks, Alberto Perez


(a file like this:

0    4
1    2
12  2
12  3
...

[Mario Faretta]

if you open the file as String (File.openAsString(path);)
then you can split into rows (split(filestring. "\n");)
and then load the two columns by splitting according to the separator (tab I
suppose)
a macro doing this is written below:

pathfile=File.openDialog("Choose the file to Open:");
filestring=File.openAsString(pathfile);
rows=split(filestring, "\n");
x=newArray(rows.length);
y=newArray(rows.length);
for(i=0; i<rows.length; i++){
columns=split(rows[i],"\t");
x[i]=parseInt(columns[0]);
y[i]=parseInt(columns[1]);
}

Hope it helps
Mario

R. C. ([hidden email]) wrote:

>
> How can I read a list of txt values from a txt file using a script or a
> macro?
>
> thanks, Alberto Perez
>
>
> (a file like this:
>
> 0    4
> 1    2
> 12  2
> 12  3
> ...
>

--
Mario Faretta
Department of Experimental Oncology
European Institute of Oncology
c/o IFOM-IEO Campus for Oncogenomics
via Adamello 16
20139 Milan
Italy
Phone: ++39-02574303054
email: [hidden email]
http://www.ifom-ieo-campus.it



[- Il Tuo 5 per Mille a favore della Ricerca dell'Istituto Europeo di
Oncologia

Tutti coloro che presentano il modello Unico, il modello 730 o più
semplicemente che ricevono dal proprio datore di lavoro il modello CUD, hanno
la facoltà di scegliere la destinazione del proprio 5 per mille.

Nella casella riservata al Finanziamento agli Enti della Ricerca Sanitaria
inserisci il codice fiscale dello IEO (08 69 14 40 153) ed apponi la Tua
firma.
Il Tuo 5 per Mille verrà destinato alla ricerca contro il cancro dell'Istituto
Europeo di Oncologia

NON COSTA NULLA E NON COMPORTA ALCUN AUMENTO DELLE IMPOSTE DA VERSARE
NON È UN'ALTERNATIVA ALL'8 PER MILLE
E' UN GESTO CONCRETO E DI GRANDE VALORE

Per saperne di più vai al sito dello IEO www.ieo.it < http://www.ieo.it >
oppure scrivi a [hidden email] < mailto:[hidden email]>

Segnala ad un amico questa opportunità

 -]

[R. C.]

That was exactly what I was looking for.

Thanks!!

Alberto Perez
Medical Physics Department
Hospital Virgen de las Nieves. Granada. Spain
2010/2/9 Mario Faretta <[hidden email]>

> if you open the file as String (File.openAsString(path);)
> then you can split into rows (split(filestring. "\n");)
> and then load the two columns by splitting according to the separator (tab
> I
> suppose)
> a macro doing this is written below:
>
> pathfile=File.openDialog("Choose the file to Open:");
> filestring=File.openAsString(pathfile);
> rows=split(filestring, "\n");
> x=newArray(rows.length);
> y=newArray(rows.length);
> for(i=0; i<rows.length; i++){
> columns=split(rows[i],"\t");
> x[i]=parseInt(columns[0]);
> y[i]=parseInt(columns[1]);
> }
>
> Hope it helps
> Mario
>
> R. C. ([hidden email]) wrote:
> >
> > How can I read a list of txt values from a txt file using a script or a
> > macro?
> >
> > thanks, Alberto Perez
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> >
> > (a file like this:
> >
> > 0    4
> > 1    2
> > 12  2
> > 12  3
> > ...
> >
>
> --
> Mario Faretta
> Department of Experimental Oncology
> European Institute of Oncology
> c/o IFOM-IEO Campus for Oncogenomics
> via Adamello 16
> 20139 Milan
> Italy
> Phone: ++39-02574303054
> email: [hidden email]
> http://www.ifom-ieo-campus.it
>
>
>
> [- Il Tuo 5 per Mille a favore della Ricerca dell'Istituto Europeo di
> Oncologia
>
> Tutti coloro che presentano il modello Unico, il modello 730 o più
> semplicemente che ricevono dal proprio datore di lavoro il modello CUD,
> hanno
> la facoltà di scegliere la destinazione del proprio 5 per mille.
>
> Nella casella riservata al Finanziamento agli Enti della Ricerca Sanitaria
> inserisci il codice fiscale dello IEO (08 69 14 40 153) ed apponi la Tua
> firma.
> Il Tuo 5 per Mille verrà destinato alla ricerca contro il cancro
> dell'Istituto
> Europeo di Oncologia
>
> NON COSTA NULLA E NON COMPORTA ALCUN AUMENTO DELLE IMPOSTE DA VERSARE
> NON È UN'ALTERNATIVA ALL'8 PER MILLE
> E' UN GESTO CONCRETO E DI GRANDE VALORE
>
> Per saperne di più vai al sito dello IEO www.ieo.it < http://www.ieo.it >
> oppure scrivi a [hidden email] < mailto:[hidden email]>
>
> Segnala ad un amico questa opportunità
>
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>

[dpoburko]

You can also open the text file as an image (File>Import>Text Image...),
where each of your values will be represented by pixel intensity. In
some cases this is handy because you can then use the image calculator
to perform array calculations, rather than having to write For loops.

Cheers,
Damon

--

Damon Poburko, PhD
Postdoctoral Research Fellow
Stanford University School of Medicine
Dept. of Molecular & Cellular Physiology
279 Campus Dr., Beckman B103, Stanford, CA 94305
Ph: 650 725 7564, fax: [phone]




R. C. wrote:

> How can I read a list of txt values from a txt file using a script or a
> macro?
>
> thanks, Alberto Perez
>
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> (a file like this:
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[hemangi]

How can I get coordinates of particles that I get from using '
Hi All,

How can I get coordinates of particles that I get from using 'Analyze particles' to get stored as a file?
I tried to use "more->save" from "ROI Manager" option of "Analyze partcles", and the file gets saved, but when I try to open it, I get errors and cannot see the file.
Any pointers, please?

Thanks,
Hemangi.


 



________________________________
From: Damon Poburko <[hidden email]>
To: [hidden email]
Sent: Tue, February 9, 2010 6:01:07 AM
Subject: Re: read values from txt file

You can also open the text file as an image (File>Import>Text Image...), where each of your values will be represented by pixel intensity. In some cases this is handy because you can then use the image calculator to perform array calculations, rather than having to write For loops.

Cheers,
Damon

--
Damon Poburko, PhD
Postdoctoral Research Fellow
Stanford University School of Medicine
Dept. of Molecular & Cellular Physiology
279 Campus Dr., Beckman B103, Stanford, CA 94305
Ph: 650 725 7564, fax: [phone]




R. C. wrote:

> How can I read a list of txt values from a txt file using a script or a
> macro?
>
> thanks, Alberto Perez
>
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> (a file like this:
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